عرف اليابانيون معلومات أولية عن الإسلام من جيرانهم الصينيون، فأخذوا معلوماتهم من الكتب الصينية، ومما كتبه الأوروبيون، وجاءت دفعة جديدة بانفتاح اليابان على العالم الخارجي والاتصال بالبلاد الإسلامية، ففي سنة 1308 هـ زارت إحدى السفن الحربية التركية موانيء اليابان زيارة مجاملة، ولكنها تحطمت في عودتها قرب جزر اليابان، ومات العديد من طاقمها، فأرسلت اليابان إحدى سفنها تحمل الأحياء من الباخرة التركية إلى استنبول وكان هذا أول (اتصال إسلامي رسمي) باليابان

وافتتح اليابانيون مفوضية بالقسطنطنية في أعقاب الحرب العالمية الأولى وبدأ اتصالهم بالعالم الإسلامي، فأرسلو مبعوثاً لهم إلى جدة لتوثيق العلاقات بالعالم الإسلامي، وعندما عقد مؤتمر اليانات يطوكيو في سنة ۱۳۲۶ هـ حضره مندوبون من بعض الدول الإسلامية. 

وعندما قامت الحرب بين الروس واليابانيين في مستهل هذا القرن زاد اتصال اليابان بالعالم الإسلامي، ووصل إلى اليابان العديد من المسلمين كان من بينهم (عبد الرشيد إبراهيم) الذي طرد من روسيا بسبب نشاطاته التتارية الإسلامية، وكان صديقاً للجنرال الياباني (أكاشي) وساعده في الدخول إلى اليابان في سنة ۱۳۲۷هـ، وكان عبد الرشيد داعية إسلامياً نشيطاً، أسلم على يديه العديد من اليابانيون منهم (كوتارو- ياما أوكا) وحج الاثنان معاً في سنة ۱۳۲۷، وتوفي عبد الرشيد إبراهيم سنة ۱۳6۴ هـ، وزاد اتصال المسلمين باليابان بعد الحرب العالمية الأولي، وفي سنة ۱۳4۲ هـ قدم إلى اليابان مسلم لاجيء طرده الماركسيون من تركستان ويدعى (محمد عبد الحي قربان). 

كما قدم إلى اليابان في أعقاب وصول عبد الحي قربان 600 لاجيء من مسلمي تركستان، وكان هذا أول (وصول جماعي للمسلمين) إلى اليابان، ولهذا يوجد العديد من الأتراك الذين ينتسبون إلى تركستان بوسط آسيا. 

أسس قربان أول مسجد في طوكيو في سنة ۱۳5۷ هـ، وألحق به مدرسة لتعليم القرآن، وأسره الروس في نهاية الحرب العالمية الثانية، ونفي إلى سيبريا وظل بها حتى توفي في سنة ۱۳۷۲ هـ. 

وازدهر انتشار الإسلام بين اليابانين في أعقاب الحرب العالمية الثانية، فبعودة الجنود اليابانين من البلاد الإسلامية في جنوب شرقي آسيا، برزت خطوة جديدة زادت من انتشار الإسلام فقد اعتنق بعض هؤلاء الجنود الإسلام أثناء وجودهم في تلك البلاد ومنهم (عمر بوكينا)، وهناك جهود فردية مثل ماقام به (الحاج عمر ميتان)وقد اعتنق الإسلام أثناء وجوده في بكين، وعاد إلى اليابان في أعقاب الحرب العالمية الثانية، وذهب إلى باكستان، ثم إلى مكة المكرمة، ثم عاد منها في سنة ۱۳۸5 هـ بعد أن زاد تعمقة في الإسلام ونشط الحاج عمر في الدعوة الإسلامية، وأسس الجمعية الإسلامية في سنة ۱۳۸۰ هـ، وهاجر عدد من مسلمي الصين إلى اليابان بعد استيلاء الشيوعيين على حكم الصين، ومنذ عام - ۱۹56 م بدأت وفود جماعة التبليغ تتردد على اليابان قادمة من الهند وباكستان وهناك نشاط ملحوظ في نشر الدعوة تقوم به جمعية الطلبة المسلمين.
 
وزادن جهود اليابانين أنفسهم في الدعوة، وهناك عدد من المسلمين اليابانين تحملوا مسؤولية الدعوة، ومن أنشط المسلمين طبيب ياباني اسمه (شوقي فوتاكي) افتتح مستشفى خاص وأسلم على يدية الآلاف وساعدته جمعية تعاونية إسلامية في إقامة المستشفي في قلب مدينة طوكيو، كما أسلم تاجر لحوم في مدينة ساكو وأصبح يزود المسلمين بحاجتهم من اللحوم المذبوحة على الطريقة الإسلامية، وقد ازداد اتساع الإسلام في السنوات الإخيرة ويقدر عددهم حاليا بـ400 الف مسلم، المناخ مناسب للدعوة فالدستور الياباني ينص على عدم التدخل في المعتقدات الدينية، وينتشر المسلمون اليابانيون في مناطق طوكيو، وفي منطقة كَنْسَاي، وأُوساكا، وكوبي، وكِيُوتُو، وفي نَاجويا، وفي جزيرة هُوكَّايْدو، ومنطقة سِنْدَاي، وشِيزُوكَا، وهِيروشيما. 

يوجد باليابان عدة مساجد، واحد بطوكيو أسسه المرحوم (محمد عبد الحي قربان) سنة ۱۹5۷ هـ وهو على طراز المساجد التركية، وقد تصدع بنيانه والمسجد الآن ملك السفارة التركية، ومسجد في مدينة أوساكا، ومسجد في مدينة كوبي، وهناك مسجد أثري في مدينة ناجويا وقد تهدم في غارات الحرب العالمية الثانية، وتبرعت وزارة الأوقاف بدولة الإمارات العربية المتحدة بمبلغ مليون و300 الف دولار لبناء المسجد، وباقي المساجد موزعة في بعض المدن خارج طوكيو، وتبرعت المملكة العربية السعودية بأرض سفارتها القديمة في طوكيو لإقامة مسجد ومركز إسلامي.
 
ويوجد الآن مسجد التوحيد بطوكيو بمقاطعه هاتشيوجي في الحي القريب من محطة القطار وتسمى شنجوكو ويصلي المسلمون فيه صلاة الجمعه وبداخله مركز لتعليم اللغة العربية ومكتبة مصغرة يديرها مدير المسجد وامامه الاستاذ بشار تركستاني. 

كما ترجمت معاني القرآن إلى اللغة اليابانية، وكانت أول ترجمة في سنة ۱۳۳۹ هـ، وصدرت الترجمة الثانية في سنة ۱۳۹۳ هـ، ويجب التدقيق فيما صدر من تراجم، فقد استمدت مصادرها من تراجم إنجليزية والحاجة ماسة إلى توزيع نسخ من القرآن الكريم، وإلى ترجمة كتب الحديث والفقه والتوحيد وبناء المدارس الإسلامية وتوفير المدرسين المؤهلين. 

يتلقى المسلمون تعلم مبادئ الإسلام في مسجد طوكيو، ومسجدي كوبي وأوساكا، ولاتوجد مدارس إسلامية لحد الآن. كما أنشأت جامعة الإمام محمد بن سعود المعهد العربي الإسلامي في اليابان ونشاطة يتمثل في دورات لتعليم اللغة العربية، مدرسة الروضة الإسلامية لتعليم الأطفال، الإسهام في المنح الدراسية للطلاب المسلمين. 

ويوجد في اليابان عدة جمعيات إسلامية منها: الجمعية الإسلامية اليابانية، والجمعية اليابانية الثقافية، والمؤتمر الإسلامي الياباني الذي قام بفتح صفوف لتحفيظ القرآن الكريم، والمركز الإسلامي الياباني، وجمعية الطلاب اليابانين المسلمين، وجمعية الوقف الإسلامي باليابان، كما قام المركز الإسلامي بطبع كتيبات ومجلة إسلامية باللغة اليابانية، كما تصدر مجلة إسلامية باللغة الصينية (الصراط المستقيم)، وترعي المملكة العربية السعودية إقامة المعهد العربي الإسلامي في طوكيو بحيث يضم مسجداً ومدرسة وقاعة محاضرات ومكتبة وتم افتتاح المركز في سنة ۱۴۰۳هـ.