مسجد "حنانه "، در بين راه نجف و كوفه، سمت شمال آن واقع است .

به هنگام حمل سرهای مبارك شهيدان كربلا به كوفه، سر مقدس ابا عبدالله احسين (ع) را بر زمين اين مسجد گذاشتند. گفته اند در اين هنگام صدايی شبيه به ناله بچه شتری ( حنانه ) كه مادرش را گم كرده باشد بلند شد . از اين رو بعدها در آن مكان مسجدی ساختند كه آن را حنانه ناميدند.

مسجد حنانه ضريح كوچكی دارد و در نزديكی مسجد فوق، مقبره "الثويه " واقع است كه بسياری از ياران و صحابه امام علی ( عليه السلام ) در آن جا دفن شده اند .

امام صادق (عليه السلام) در اين محل فرود آمده و نماز خوانده‌اند. هنگامی که علّت را پرسيدند، فرمودند: «وقتي سرهای شهيدان کربلا را به کوفه می‌آوردند تا نزد عبيد الله بن زياد ببرند، سر مقدّس حضرت سيد الشهدا (عليه السلام) را در اين محل بر زمين نهاده اند.»