آیت الله حسینی بوشهری با اشاره به رهنمودهای مقام معظم رهبری در جمع طلاب و حوزویان قم مبنی بر این که عده ای درصدد تقسیم روحانیت به دو گروه آخوند حکومتی و حکومت آخوندی هستند، اظهار داشت: این افراد قصد دارند تا با این اقدامات نظام را از حمایت های روحانیت محروم کرده و قصد و هدف آنها به نفع اسلام و کشور نیست.

خبرگزاری تقریب (تنا):

استاد حوزه علمیه قم، حوزه و روحانیت را پایگاه های فکری و موجب مقبولیت نظام اسلامی توصیف کرده و خاطرنشان کرد: عده ای به دنبال نابودی عقبه نظام هستند. 

وی افزود: منزوی و در حاشیه بودن، امتیازی برای روحانیت نیست، چرا که این قشر از جامعه پاسدار دین و ارزش‌ها بوده و باید در متن جامعه حضور داشته باشند. 

حسینی بوشهری روحانیت را مدافع نظام دانسته و اظهار داشت: نظام اسلامی دارای ارزش و هدف بوده و تبیین و گسترش این اهداف وظیفه روحانیت است. 

مدیر پیشین حوزه علمیه قم، مقبولیت نظام را در گرو وجود روحانیت توصیف کرده و تصریح کرد: روحانیت و حوزه پایگاه های فکری نظام بوده و اگر این دو به حاشیه بروند نه تنها ارزش های اسلامی پیاده نمی شود، بلکه آرمان های انقلاب نیز به انحراف کشیده خواهد شد و نظام اسلامی مقبولیت خود را از دست می دهد. 

امام جمعه قم حوزه و نظام را مکمل هم خوانده و گفت: حوزه و نظام نمی توانند نسبت به هم بی تفاوت باشند؛ چرا که به تعبیر زیبای مقام معظم رهبری نظام فرزند حوزه است و مادر نمی تواند نسبت به فرزند خود بی تفاوت باشد.
وی سخنان خود را اینگونه پی گرفت: نظام اسلامی و حوزه‌ها حامی یکدیگر هستند؛ بنابراین نظام باید با حفظ کرامت و استقلال حوزه، نیازهای آن را تامین و حوزه نیز از نظام حمایت معقول، منطقی و بجا داشته باشد. 

آیت‌الله حسینی‌بوشهری در بخش دیگری از سخنان خود بحث استقلال حوزه به میان آورده و اظهار داشت: استقلال حوزه یکی از دغدغه‌های جدی رهبری، مراجع و علما بوده و مقام‌ معظم‌ رهبری در دیدار خود با حوزویان و طلاب با تدابیر روشن خود به تبیین این مسئله پرداختند.