درگفتار راستگوترین، در دیدار گشاده رو ترین، در بذل جان در راه خدا بخشنده ترین و در اخلاق متواضع‌ترین مردمان بود .از خوف خدا بسیار می‌گریست و هنگام مشكلات اهل بیت را جمع می‌كرد و با هم به ذكر و استغفار می‌پرداختند. در زهد، فضل، تقوا،آشنایی با رموز قرآن و سنت، تفسیر و احكام شرع سرآمد همگان بود.

پايه ريزي دانشگاه علوم اسلامي
دوران امامت امام محمد باقر(ع)، سال ۹۵ هجرى قمري آغاز شد و تا سال ۱۱۴ هجری قمري یعنى مدت ۱۹ سال و اندي  ادامه داشته است.
در دوران امامت امام محمد باقر (ع) و فرزندشان مسایلى چون انقراض امویان و بر سر كار آمدن عباسیان، پیدا شدن مشاجرات سیاسى و ظهورسرداران و مدعیانى مانند ابومسلم خراسانى و دیگران مطرح مي شود.
ترجمه كتاب‌هاى فلسفى و مجادلات كلامى دراین دوره پیش می‌آید و عده‌اى از مشایخ صوفیه و زاهدان و قلندريان وابسته به دستگاه خلافت پیدا می‌شوند. قاضی‌ها و متكلمان به دلخواه مقامات رسمى و صاحب قدرتان پدید می‌آیند و فقه، عقاید، كلام واخلاق را بر طبق مصالح مراكز قدرت خلافت شرح و تفسیر می‌نمودند.
برخى نیز احادیثى به نفع دستگاه حاكم ساخته و یا مشغول جعل بودند و یا آنها را به سود ستمكاران غاصب خلافت دگرگون می ‌نمودند. بدین جهت امام محمدباقر علیه‌السلام و پس از وى امام جعفر صادق علیه‌السلام از موقعیت مساعد روزگارسیاسى، براى نشر تعلیمات اصیل اسلامى بهره جستند و دانشگاه علوم اسلامى راپایه‌ریزى نمودند .
امامان بزرگوار و شاگردانشان، وارثان ونگهبانان حقیقى تعلیمات پیامبر صلی‌الله‌علیه ‌وآله و قانون عدالت بودند ومی‌بایست به تربیت شاگردانى عالم و عامل و یارانى شایسته و فداكار دست پيدا كنند. به همین جهت محضر امام باقرعلیه‌السلام مركز علماء، دانشمندان، راویان حدیث و خطیبان و شاعران بنام بود.
در مكتب تربیتى امام باقر علیه‌السلام علم و فضیلت به مردم آموخته می‌شد.

شخصيت اخلاقي امام باقر(ع)
درگفتار راستگوترین، در دیدار گشاده رو ترین، در بذل جان در راه خدا بخشنده ترین و در اخلاق متواضع‌ترین مردمان بود .از خوف خدا بسیار می‌گریست و هنگام مشكلات اهل بیت را جمع می‌كرد و با هم به ذكر و استغفار می‌پرداختند. در زهد، فضل، تقوا،آشنایی با رموز قرآن و سنت، تفسیر و احكام شرع سرآمد همگان بود.
"علی بن عیسی اربلی" در كتاب كشف الغمه و انب طلحه درمطالب السوول و "سبط ابن جوزی" در تذكرة الائمه و سایر محدثین اهل سنت از "عبدالله بن عطاء مكی "روایت كرده‌اند كه گفته است: علما را نزد هیچ‌ كس حقیرتر از آن ندیدم كه در محضر ابوجعفر محمد بن علی دیدم.

نمونه‌ای از اخلاق امام باقرعليه السلام
روایت است که مردي از اهل شام در مدینه ساكن بود و به خانه ‏امام بسیار مى ‏آمد و به آن حضرت مى‏گفت: در روى زمین بغض و كینه‌ كسى را بیش از تو در دل ندارم و با هیچ كس بیش از تو و خاندانت دشمن نیستم! و عقیده‌‏ام آن است كه اطاعت‏ خدا و پیامبر و امیرمؤمنان دردشمنى با توست، اگر مى ‏بینى به خانه تو رفت و آمد دارم بدان جهت است كه تو مردي سخنور، ادیب و خوش بیان هستى. در عین حال امام علیه السلام با او مدارا مى فرمود و به نرمى سخن می گفت. چندى بر نیامد كه شامى بیمار شد و مرگ را رویا روى خویش دید و از زندگى نومید شد، پس وصیت كرد كه چون درگذرد ابو جعفر "امام باقر" بر او نماز گزارد.
شب به نیمه رسید و مرد شامي از دنيا رفت. بامداد وصى او به مسجد آمد و امام باقر علیه السلام را دیدكه نماز صبح به پایان برده و مشغول انجام تعقیبات است .به آن حضرت گفت: آن مرد شامى به دیگر سراى شتافته و خود چنین خواسته كه شما بر او نماز گزارید .فرمود: او نمرده است... شتاب مكنید تا من بیایم .پس برخاست و وضو و طهارت را تجدید فرمود و دو ركعت نماز خواند و دست‌ها را به دعا برداشت، سپس به سجده رفت و همچنان تا بر آمدن آفتاب در سجده ماند، آنگاه به خانه‏ شامى آمد و بر بالین او نشست و او را صدا زد و او پاسخ داد .امام او را نشاند و شربتى به او داد و به بستگانش فرمود غذاهاي سرد به او بدهند و خود بازگشت. بعد از مدتي كه مرد شامي بهبود يافت نزد امام رفت و عرض كرد: «گواهى مى ‏دهم كه تو حجت ‏خدا بر مردمانى. 

برخورد امام باقر (ع) با فرقه هاي منحرف عقيدتي
چون عصر امام باقر(علیه السلام)، روزگار برخورد اندیشه های اسلامی و غیراسلامی بود، دربارِ بنی امیه مناظرات زیادی بین دانشمندان ادیان مختلف با امام سازمان دهی کرد و آخرین حکمرانان بنی امیه این سیاست کهنه و شکست خورده را بار دیگر از سر گرفتند. ازجمله اين  فرقه ها مي توان به مرجئه، جبريه و قدريه، خوارج، جاروديه اشاره كرد.
 
امام باقر(ع) و دانش بيكرانش
چنان که بسیاری از علمای اهل سنت نیز گفته اند، امام باقر علیه السلام در زمان حیات خویش شهرت فراوانی داشت و همواره محضر او ازدوستدارانش، از تمامی بلاد و سرزمین‌های اسلامی، پر بوده است. موقعیت علمی ایشان، به مثابه شخصیتی عالم و فقیه، به ویژه به عنوان نماینده علوم اهل بیت، بسیاری را وا می‌داشت تا از محضر او بهره گیرند و حل اشکالات علمی و فقهی خود را از وي طلب كنند.
مراجعه کنندگان، خضوعی خاص نسبت به شخصیت علمی امام داشتند چنان که "عبدالله بن عطای مکی" گوید: علمارا در محضر هیچ کسی کوچکتر از زمان حضور در محضر امام باقر علیه السلام ندیدم. شهرت علمی امام، در حد تعبیر "ابن عنبة"، مشهورتر از آن است که کسی بخواهد آن را بیان کند. این شهرت در زمان خود ایشان، نه تنها در حجاز که"کان سید فقهاء الحجاز" بلکه حتی در عراق و خراسان نیز به طور گسترده فراگیر شده بود. چنان که راوی می گوید: دیدم که مردم خراسان دور حضرت حلقه زده و اشکالات علمی خود را از ایشان می پرسیدند.
يكى از علماى بزرگ اهل سنت به نام" ابن حجر هيتمى" درباره ايشان مى نويسد: محمّد باقر به اندازه اى گنج هاى پنهان معارف و دانش ها را آشكار ساخته، حقايق احكام و حكمت ها و لطايف دانشها را بيان نموده كه جز بر عناصر بى بصيرت يا بد سيرت پوشيده نيست وبه همين علت است كه وى را شكافنده دانش و جامع علوم و برافروزنده پرچم دانش خوانده اند. كتب و مؤلفات دانشمندان و مورخان اهل تسنّن مانند: طبري، بلاذري، سامرا، خطيب بغدادي، ابونعيم اصفهاني، و كتبي مانند: موطّأ مالك، سنن ابي داود، مسند ابي حنيفه، مسند مروزي، تفسير نقاش،‌ تفسير زمخشري و ده‌ها كتاب ديگر كه از مهم‌ترين كتب اهل سنت است، پر از سخنان پر مغز امام محمد باقر(ع) است و در تمام آنها جملۀ"قال محمد بن علي" و يا "قال محمدٍ الباقر" به چشم مي‌خورد. 

مكتب امام محمد باقر
از جمله علومی که امام محمـد باقر عليـه السـلام به تعليم و بيان آن پرداختند  اصول و فقه اسلامی، طب، رياضيات، نجوم، اخلاق و شيمی بود. اصحاب حضرت بيش از چهارصد و نود و چهار نفر بودند که هر يک از آنها از شخصيتهای مهم علمی و دارای آثار فقهی و کتب تصنيفی بودند و همگی منشأ فقه و علوم و فنون اسلامی برای آيندگان گرديدند.
مکتب علمی و تربيتی امام باقر عليه السلام مکتب فضيلت و احسان بود. در اين دوران درهايی از انواع و اقسام علم و دانش گشوده شد که در تاريخ اسلام بی سابقه بوده است. در مکتب امام باقر علیه السلام، شاگردان زیادى تربیت یافته اند که گروه قابل توجهى از آنان از شهر کوفه بوده و هر یک در زمان خود به ترویج مکتب حیات بخش اهل بیت علیهم السلام مشغول بودند. شیخ طوسى ۴۶۸ نفر از شاگردان امام باقر علیه السلام را در کتاب رجال خویش نام برده است. 

شهادت
حضرت امام محمد باقر ( ع ) ۱۹سال و اندي   زندگی کرد و در طول حيات خود به نشر و تبليغ فرهنگ اسلامی، تعليم شاگردان، رهبری اصحاب و مردم، اجرا کردن سنتهای جد بزرگوارش در ميان خلق و انجام وظايف خطير امامت پرداخته و لحظه ای از اين وظيفه غفلت نفرمود. امام محمد باقر(ع) سرانجام در هفتم ذيحجه سال ۱۱۴هجری در سن ۵۷سالگی در مدينه چشم از جهان فروبست. پيکر مطهر اين شكافنده علم را در قبرستان بقيع - کنار پدر بزرگوارش - به خاک سپردند.