أدلى آية الله الأعرافي بتصريح أدان فيه مجزرة الأبرياء في سوريا التي ارتكبتها جماعات "تحرير الشام" المسلحة، داعيًا علماء الأمة الإسلامية الواعين والشجعان، وكذلك كبار ممثلي الأديان الأخرى، إلى إدانة هذه الأعمال المخالفة للشرع والقانون واتخاذ موقف واضح تجاهها.